O início da comunidade que mais tarde viria a se tornar a Paróquia Santo Antônio de Lisboa coincide com a criação do bairro Aureny III, que começou a ser povoado em meados de março de 1991. Neste mesmo ano, um grupo de moradores se reuniram com suas famílias para partilhar momentos do cotidiano, de oração e acima de tudo, para vivenciar a fé católica. Foi a partir desse pequeno grupo de famílias que surgiu a comunidade Santo Antônio.

Em janeiro de 1992, a Congregação das Irmãs de Nossa Senhora (Notre Dame) iniciou sua missão no bairro. As primeiras missionárias a se instalarem foram as Irmãs Silvana, Teresa e Dionízia. Com a motivação das irmãs e a presença dos missionários padres redentoristas, a comunidade ficou ainda mais incentivada na vida comunitária e na vivência da fé. Nesse período, antes mesmo da comunidade se tornar paróquia, já se iniciavam os encontros formativos, as atividades pastorais e a fundação de diversos movimentos. Muitas conquistas do bairro e da comunidade foram alcançadas por meio da mobilização das lideranças da Comunidade Santo Antônio.

Com a chegada constante de pessoas no bairro, surgiu a necessidade de formar outras comunidades em áreas mais afastadas. Todas as novas comunidades surgiram a partir de grupos de famílias que já atuavam nessas áreas. Assim, foram criadas as seguintes comunidades: Nossa Senhora de Guadalupe (1993), Nossa Senhora da Guia (1993), Santa Júlia Billiart (1996), Santa Luzia (2000), São Miguel (2007), Sagrada Família (2007) e Santo Estêvão (2011). Vale ressaltar que as duas últimas comunidades mencionadas tiveram suas atividades encerradas.

No ano de 2001, a Comunidade se preparou por meio de novenas para a transição de Comunidade para Paróquia e para a recepção do pároco Pe. Marcus Paulo Alves Silva. Após toda a espera e preparação, no dia 17 de fevereiro de 2002, foi celebrada a missa de fundação da Paróquia Santo Antônio, e toda a comunidade festejou com alegria. Inicialmente, a Paróquia Santo Antônio abrangia não apenas as comunidades do Aureny III, mas também as dos bairros Aureny I, II e IV. Posteriormente, foram instituídas paróquias nestes bairros.

Em 2023, após 21 anos de fundação, ocorreram alterações significativas na história da Paróquia Santo Antônio. Em março de 2023, houve o desmembramento de parte do território que pertencia à Paróquia Santo Antônio, formando a nova Área Pastoral Missionária São José de Anchieta. No mesmo ano, em junho, o nome da paróquia foi alterado de Paróquia Santo Antônio para Santo Antônio de Lisboa. Essa mudança atendeu a um pedido da comunidade paroquial, com o objetivo de facilitar a identificação da paróquia, uma vez que já existia outra Paróquia Santo Antônio em Palmas. Também em junho, no dia 11, foi concedido o direito real de uso do território da matriz paroquial por um período de 20 anos.

Fonte: Livro do Tombo, Joana Inácio de Melo, José da Conceição Reis, Luzenira Silva Cruz e Kelma Leite Pires.